Keberadaan prodi Pendidikan Agama Islam ini tidak dapat dilepaskan dari sejarah lahirnya Sekolah Tinggi Agama Islam Pati 1985 .Fakultas Tarbiyah menjadi embrio berdirinya Sekolah Tinggi ini, saat itu masih berbentuk Institut Agama Islam Pati (IAIP), yang memiliki satu jurusan, Pendidikan Agama Islam. Perubahan tersebut terjadi dalam rangka merespon SK Menteri Agama RI No. 167/1989 tanggal 12 Juli 1989 tentang pengesahan berdirinya Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT). Dengan berubahnya IAIP menjadi STIT menununtut dilikuidasinya Fakultas Syari’ah dan hanya satu Bidang Ilmu Islam yang dibuka, yaitu Ilmu Tarbiyah. Pimpinan STAI Pati pada masa STIT ini adalah :
- Ketua : Let. Kol. Purn. H Sardjono
- Pembantu Ketua I : Drs. H Utoyo Dimyati
- Pembantu Ketua II : Ir H Sungkowo, SU
- Pembantu Ketua III : Drs. Mulyono
Dalam usia yang cukup matang, Prodi PAI telah mencetak ribuan sarjana pendidikan Islam yang lulusannya telah tersebar ke berbagai wilayah di indonesia. Lulusan PAI berkiprah di masyarakat sebagai guru-guru PAI, Bahasa Arab di sekolah-sekolah atau madrasah untuk jenjang dasar dan menengah, negeri maupun swasta, penilik madrasah, kepala sekolah, dan pemimpin lembagai pendidikan lainnya.
Sejalan dengan perkembangan tuntutan masyarakat, PAI terus melakukan pembenahan guna menyempurnakan pelayanan akademik sehingga mampu mencetak mahasiswa menjadi calon-calon intelektual islami yang menguasai bidang keilmuan dan keahliannya serta menjadi pioner bagi kemajuan bangsa. Di masa yang akan datang keberadaan guru pendidikan Islam, dan sarjana-sarjana yang menguasai hukum Islam sangat dibutuhkan dalam memperkuat pembangunan karakter bangsa, tuntutan tersebut menjadi tantangan bagi PAI untuk mendidik calon-calon pendidik Islam dan sarjana keilmuan Islam yang terbaik.